Desain Masjid Al Huda berupaya hadir menjadi sebuah oase dari rumah ibadah yang nyaman. Desainnya dibuat baru, namun sebagian besar masih dalam bentuk aslinya. Alih-alih mengadopsi bentuk kubah yang menjadi ciri khas masjid pada umumnya, bangunan ini menerapkan desain yang diterapkan pada masjid-masjid Indonesia sebelum abad ke-19. Desainnya benar-benar mencerminkan contoh umum dari bentukan masjid tradisional Jawa atau nusantara kala itu.
Bangunan ini memiliki bentuk bujur sangkar dengan atap tropis yang berbentuk tumpang atau bersusun. Atap ini menunjukkan banyak kemiripan dengan struktur kayu dari peradaban Hindu-Buddha di Jawa dan Bali. Susunan atap tersebut didesain semakin ke atas semakin kecil yang memiliki arti Iman, Islam, dan Ihsan.
